ผลจากความสำเร็จในการโค่นล้มรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ ทำให้คิโดะกล่าวอ้างว่าตนมีบทบาทอย่างยิ่งในการก่อตั้งรัฐบาลเมจิขึ้นใหม่ ในฐานะของ "ซังโย" หรือองคมนตรีแห่งพระจักรพรรดิ เขาได้ช่วยเหลือในการร่างคำปฏิญาณห้าประการ (ญี่ปุ่น: 五箇条の御誓文 ทับศัพท์: Gokajō no Goseimon, ; Five Charter Oath) และริเริ่มนโยบายการรวมศุนย์อำนาจสู่รัฐบาลการและการเปลี่ยนแปลงไปสูความทันสมัย โดยมีส่วนร่วมโดยตรงในการยกเลิกระบบแว่นแคว้นของประเทศญี่ปุ่น

ในปี ค.ศ. 1871 คิโดะได้เข้าร่วมคณะการทูตอิวากูระ (Iwakura Mission) ในการเดินทางรอบโลกสู่สหรัฐอเมริกาและยุโรป เขาสนใจเป็นพิเศษในระบบการศึกษาและระบบการเมืองของชาวตะวันตก ในระหว่างการเดินทางกลับสู่ญี่ปุ่น เขาได้กลายเป็นผู้สนับสนุนอย่างแข็งขันในการสถาปนาระบอบราชาธิปไตยภายใต้รัฐธรรมนูญ และด้วยความที่ตระหนักว่าญี่ปุ่นในเวลานั้นยังไม่อาจท้าทายใด ๆ ต่อมหาอำนาจตะวันตกได้ สาเหตุของการเดินทางกลับในครั้งนั้นของคิโดะจึงได้แก่การยับยั้งความคิดในการรุกรานเกาหลี ซึ่งกำลังเป็นประเด็นอภิปรายทางการเมืองอย่างเผ็ดร้อนในครั้งนั้นด้วยอีกประการหนึ่ง

คิโดะได้สูญเสียตำแหน่งในกลุ่มคณาธิปไตยเมจิให้แก่โอกูโบะ โทชิมิจิ และลาออกจากรัฐบาลเพื่อเป็นการประท้วงการรุกรานไต้หวันใน ค.ศ. 1874 ซึ่งเข้าได้แสดงท่าทีคัดค้านอย่างมาก แต่ต่อมาได้กลับเข้าร่วมรัฐบาลอีกครั้งตามผลการตกลงในการประชุมที่โอซากะในปี ค.ศ. 1875 และเป็นประธานของสภาผู้ว่าราชการจังหวัด (Assembly of Prefectural Governors) ซึ่งได้จัดตั้งขึ้นจากการประชุมดังกล่าว นอกจากนี้ยังเป็นผู้รับผิดชอบในการถวายการศึกษาแก่จักรพรรดิเมจิผู้ยังทรงพระเยาว์

คิโดะ ทากาโยชิ เสียชีวิตในปี ค.ศ. 1877 ด้วยโรคภัยไข้เจ็บซึ่งเบียดเบียนมานานปี ในเวลานั้นเป็นช่วงที่ญี่ปุ่นกำลังเผชิญกับกบฏซัตสึมะ